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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
18/07/2017 |
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Data da última atualização: |
11/08/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; MARTINS, A. M.; FERREIRA, M. E. |
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Afiliação: |
MARCO AURELIO CALDAS DE PINHO PESSO, CPAC; ALEXANDRE MAGALHÃES MARTINS, CAPES; MARCIO ELIAS FERREIRA, SRI. |
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Título: |
Molecular dating of phylogenetic divergence between Urochloa species based on complete chloroplast genomes. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 18, n. 516, 2017. |
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Páginas: |
14 p. |
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DOI: |
DOI 10.1186/s12864-017-3904-2 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: Background: Forage species of Urochloa are planted in millions of hectares of tropical and subtropical pastures in South America. Most of the planted area is covered with four species (U. ruziziensis, U. brizantha, U. decumbens and U. humidicola). Breeding programs rely on interspecific hybridizations to increase genetic diversity and introgress traits of agronomic importance. Knowledge of phylogenetic relationships is important to optimize compatible hybridizations in Urochloa, where phylogeny has been subject of some controversy. We used next-generation sequencing to assemble the chloroplast genomes of four Urochloa species to investigate their phylogenetic relationships, compute their times of divergence and identify chloroplast DNA markers (microsatellites, SNPs and InDels). Results: Whole plastid genome sizes were 138,765 bp in U. ruziziensis, 138,945 bp in U. decumbens, 138,946 bp in U. brizantha and 138,976 bp in U. humidicola. Each Urochloa chloroplast genome contained 130 predicted coding regions and structural features that are typical of Panicoid grasses. U. brizantha and U. decumbens chloroplast sequences are highly similar and show reduced SNP, InDel and SSR polymorphism as compared to U. ruziziensis and U. humidicola. Most of the structural and sequence polymorphisms were located in intergenic regions, and reflected phylogenetic distances between species. Divergence of U. humidicola from a common ancestor with the three other Urochloa species was estimated at 9.46 mya. U. ruziziensis, U. decumbens, and U. brizantha formed a clade where the U. ruziziensis lineage would have diverged by 5.67 mya, followed by a recent divergence event between U. decumbens and U. brizantha around 1.6 mya. Conclusion: Low-coverage Illumina sequencing allowed the successful sequence analysis of plastid genomes in four species of Urochloa used as forages in the tropics. Pairwise sequence comparisons detected multiple microsatellite, SNP and InDel sites prone to be used as molecular markers in genetic analysis of Urochloa. Our results placed the origin of U. humidicola and U. ruziziensis divergence in the Miocene-Pliocene boundary, and the split between U. brizantha and U. decumbens in the Pleistocene. MenosAbstract: Background: Forage species of Urochloa are planted in millions of hectares of tropical and subtropical pastures in South America. Most of the planted area is covered with four species (U. ruziziensis, U. brizantha, U. decumbens and U. humidicola). Breeding programs rely on interspecific hybridizations to increase genetic diversity and introgress traits of agronomic importance. Knowledge of phylogenetic relationships is important to optimize compatible hybridizations in Urochloa, where phylogeny has been subject of some controversy. We used next-generation sequencing to assemble the chloroplast genomes of four Urochloa species to investigate their phylogenetic relationships, compute their times of divergence and identify chloroplast DNA markers (microsatellites, SNPs and InDels). Results: Whole plastid genome sizes were 138,765 bp in U. ruziziensis, 138,945 bp in U. decumbens, 138,946 bp in U. brizantha and 138,976 bp in U. humidicola. Each Urochloa chloroplast genome contained 130 predicted coding regions and structural features that are typical of Panicoid grasses. U. brizantha and U. decumbens chloroplast sequences are highly similar and show reduced SNP, InDel and SSR polymorphism as compared to U. ruziziensis and U. humidicola. Most of the structural and sequence polymorphisms were located in intergenic regions, and reflected phylogenetic distances between species. Divergence of U. humidicola from a common ancestor with the three other Urochloa species was esti... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Brachiaria; Capim Urochloa; Gramínea Forrageira. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/161894/1/s12864-017-3904-2.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Cerrados (CPAC) |
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| Registros recuperados : 13 | |
| 2. |  | QUEIROZ, D. L. de; FERREIRA, J. M. S.; TEODORO, A. V.; FERREIRA, D. N. M. Ácaros em palmeiras. In: LEMES, P. G.; ZANUNCIO, J. C. (ed.). Novo manual de pragas florestais brasileiras. Montes Claros: Universidade Federal de Minas Gerais, Instituto de Ciências Agrárias, 2021. p. 717-740. Na publicação: Denise Navia.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 3. | | FILIPPON, S.; FERREIRA, D. K.; MANTOVANI, M.; DUARTE, A.; FERNANDES, C. D.; REIS, M. D. dos. Aspectos demográficos de uma população natural de Bromelia antiacantha na FLONA de Três Barras, SC. In: SEMINÁRIO DE PESQUISA DA FLORESTA NACIONAL DE TRÊS BARRAS, 1., 2009, Três Barras. Uso múltiplo e sustentável dos recursos florestais e conservação da natureza: anais. Colombo: Embrapa Florestas, 2009. 1 CD-ROM. Resumo expandido.| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 4. | | FERREIRA, D. K.; BITTENCOURT, R.; SILVA, J. Z. da; MANTOVANI, A.; REIS, M. S. dos. Critérios genéticos para coleta de sementes de araucária na FLONA de Três Barras, SC. In: SEMINÁRIO DE PESQUISA DA FLORESTA NACIONAL DE TRÊS BARRAS, 1., 2009, Três Barras. Uso múltiplo e sustentável dos recursos florestais e conservação da natureza: anais. Colombo: Embrapa Florestas, 2009. 1 CD-ROM. Resumo expandido.| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 8. | | SILVA, F. A. L. S. da; BITTENCOURT, R.; FERREIRA, D. K.; SIMINSKI, A.; PUCHALKI, A.; REIS, M. S. dos. Caracterização do incremento diamétrico de Araucaria angustifolia (Bert.) O. Kuntze na Floresta Nacional de Três Barras, SC. In: SEMINÁRIO DE PESQUISA DA FLORESTA NACIONAL DE TRÊS BARRAS, 1., 2009, Três Barras. Uso múltiplo e sustentável dos recursos florestais e conservação da natureza: anais. Colombo: Embrapa Florestas, 2009. 1 CD-ROM. Resumo expandido.| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 9. | | MISSIO, A. L.; MATTOS, B. D.; FERREIRA, D. de F.; MAGALHAES, W. L. E.; BERTUOL, D. A.; GATTO, D. A.; PETUTSCHNIGG, A.; TONDI, G. Nanocellulose-tannin films: from trees to sustainable active packaging. Journal of Cleaner Production, v. 184, p. 143-151, May 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 10. | | SILVA, F. A. L. S. da; BITTENCOURT, R.; FERREIRA, D. K.; SCHULTZ, J.; FERNANDES, C. D.; MONTAGNA, T.; REIS, M. S. dos. Variabilidade genética em progênies maternas de Araucaria angustifolia (Bert.) O. Kuntze procedentes de Painel (SC). In: SEMINÁRIO DE PESQUISA DA FLORESTA NACIONAL DE TRÊS BARRAS, 1., 2009, Três Barras. Uso múltiplo e sustentável dos recursos florestais e conservação da natureza: anais. Colombo: Embrapa Florestas, 2009. 1 CD-ROM. Resumo expandido.| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 11. | | PELEGRINI, L. L.; LEANDRO F. de OLIVEIRA; FERREIRA, D. L.; PADILHA, J. H. D.; SILVA, R. C. da; MATTIA, R. C.; DEGENHARDT-GOLDBACH, J.; QUOIRIN, M. Indução de calogênese em explantes foliares de Calophyllum brasiliense. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FLORICULTURA E PLANTAS ORNAMENTAIS, 18.; CONGRESSO BRASILEIRO DE CULTURA DE TECIDOS DE PLANTAS, 5., 2011, Joinville. Resumos... Joinville: Sociedade Brasileira de Plantas Ornamentais e Associação Brasileira de Cultura de Tecidos de Plantas, 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 12. | | SIMINSKI, A.; RUSCHEL, A. R.; FERREIRA, D. K.; BITTENCOURT, R.; MARIOT, A.; MATTOS, A. G.; SILVA, C. V. da; SILVA, J. Z. da; SCHULTZ, J.; MARQUES, A. da C.; REIS, M. S. dos. Caracterização da cobertura vegetal nativa da Floresta Nacional de Três Barras, SC. In: SEMINÁRIO DE PESQUISA DA FLORESTA NACIONAL DE TRÊS BARRAS, 1., 2009, Três Barras. Uso múltiplo e sustentável dos recursos florestais e conservação da natureza: anais. Colombo: Embrapa Florestas, 2009. 1 CD-ROM. Resumo expandido.| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 13. | | FONTANA, A.; PIRES, A. M. M.; VENTURIERI, A.; JESUS, A. H. de; PAULA, A. J. de; MEDEIROS, A. de S.; VARGAS, A. de G.; BERNDT, A.; FERREIRA, A. L.; LUIZ, A. J. B.; ALVES, A. E.; PEREIRA, A. C.; FREITAS, A. F. de; PACKER, A. P.; CAVALCANTE, A. P. C. M.; FRASCA, A. V. da L.; FERNANDES, A.; ZIMBRES, B.; RUDORFF, B. F. T.; DENARDI, B. M.; BORDRON, B.; ALVES, B. J. R.; KRAHEMBUHL, C. B. B. P.; ARAÚJO, C. E. R.; DUBEUX, C. B. S; MAEQUES, C. L.; SILVA, C. R.; BALDI, C.; JANTALIA, C. P.; GESTEIRA NETO, C. J. M.; BACK, C. D.; ANDRADE, C. A. de; AGUIAR, D. A. de; OBERLING, D. F.; OLIVEIRA, D. M. de; CALÇADO, D. M.; GONÇALVES, D. N. S.; MOLLETA, D. G. S.; GAROFALO, D. F. T.; FERREIRA, D.; GOULART, D.; OLIVEIRA, E. C. de; ROSA, E. R.; ALMEIDA, E. G. de; ALBUQUERQUE, E. R. G. M. de; LA ROVERE, E. L.; RIEGELHAUPT, E. M.; HENRIQUE, F. L.; FARIA, F. F. de; PATERNOST, F. F.; CESÁRIO, F. V.; PEREIRA, F. R. de S.; PAREYN, F. G. C.; RODRIGUES, G. A. H.; BERTANI, G.; LEMOS, G. da S.; RIBEIRO, G. H. P. de M.; CABRAL, G. H.; FROES, G. A. M.; GOES, G. V.; ANDRADE, G. S. de; CARVALHO, G. C. de; NASPOLINI, G. F.; CHRISTO, G. L. de; SANTOS, G. V. dos; BARROS, H. H. D. de; HASENACK, H.; TAVARES, H. C.; MARTINS, I. T.; FRANÇA, I. E. R.; ROITMAN, I.; SOARES, I. M. de M.; SIMIONATO, J.; FREITAS, J.; OMETTO, J. P. H. B.; LINARES, J. A. H.; RISSO, J.; CRUZ FILHO, J. L. V. da; QUINTÃO, J. M. B.; SILVA, J. S. O.; LANA, J. T. de O.; ZANATTA, J. A.; MARACAHIPES, L.; RIBEIRO, L. da S.; VICENTE, L. E.; SCHRAMM, L. F. P.; ROSSI, L. M. B.; SILVA, M. G. da; SARAIVA, M.; D'AGOSTO, M. de A.; VIRTUOSO, M. A.; LIGO, M. A. V.; RACHWAL, M. F. G.; ROSA, M.; PICHARILLO, M. E.; SILVA, M. G. L. da; MATSUURA, M. I. da S. F.; DALLA BETTA, M. M.; PEREIRA, M. J.; CARON, M. L.; ASSIS, M. L. R. de; SANTOS, M. M. de O.; ROCHA, M. B.; BUSTAMANTE, M. M. da C.; WALTER, M. C.; AQUINO, M. F. S. de; SALGADO, M. P. G.; SERRUYA, N. M.; MOREIRA, N. de P.; FERREIRA, N. C.; RAMOS, N. P.; CABRAL, O. M. R.; MOSER, P.; COLTURATO, P. D.; GRÜTZMACHER, P.; AUGUSTO, R. C.; GRISOLI, R. P. S.; SOLARI, R.; PAZIANOTTO, R. A. A.; DUPONT, R. A. B.; CANTINHO, R. Z.; PEIXOTO, R. de A.; PADILHA, R. A.; NICOLOSO, R. da S.; OLIVEIRA, R. R. S. de; HIGA, R. C. V.; GUIDOTTI, R. M. M.; NOGUEIRA, S. F.; MAIA, S. M. F.; ASSIS, T. F. de; IGAWA, T. K.; RODRIGUES, T. da S.; CARMO, T. R. L. do; MIRANDA, V. S.; KONDO, V. Y.; SCIVITTARO, W. B.; WILLS, W.; HOLLER, W. A. Inventário nacional de emissões e remoções antrópicas de gases de efeito estufa. In: BRASIL. Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovações. Quarta Comunicação Nacional do Brasil à Convenção-Quadro das Nações Unidas sobre Mudança do Clima. Brasília, DF, 2021. cap. 2, p. 80-181.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Florestas; Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Solos. |
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